Aufgrund des Anwachsens der Studentenzahlen brauchte das Institut mehr und größere Räume. Der erste Umzug erfolgte 1889; Institut und Bibliothek wurden nun in der „Neuen Kanzlei“ am Domplatz 1 untergebracht. Da sich dort auch die zahnärztliche Klinik und das Labor für Angewandte Chemie befanden, erwiesen sich auch die neuen räumlichen Gegebenheiten schnell als ungenügend.
Die Fürstliche Kanzlei, auch Neue Kanzlei genannt, war als Verwaltungsgebäude gebaut worden und beherbergte zunächst die erzbischöfliche Kammer; im 18. Jahrhundert zog das Landes- und Regierungsarchiv ein, später das Oberberg-Amt. Trotz späterer Umbauten erkennt man noch die Struktur der ursprünglich zwei Gebäude mit einer Durchfahrt. Universitätsgebäude war es bis 2001 (zuletzt Fachbereich Genetik). 2003 wurde es vom Land als „Schnäppchen“ an einen privaten Nutzer verkauft (Mitteldeutsche Zeitung 28. Mai 2003) und wird heute als Wohn- und Geschäftshaus genutzt.
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