Nach der Festlegung innerhalb des Universitätsverbundes Halle - Jena - Leipzig den Schwerpunkt des Ausbaus der Strukturbiologie ab 2004 nach Halle zu legen, erfolgte der Aufbau der hochauflösenden NMR-Spektroskopie durch Mittel des Landes Sachsen-Anhalt, die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) und den Europäischen Fonds für regionale Entwicklung (EFRE). Ab 2017 erfolgte die Etablierung der Kryoelektronenmikroskopie und die Erweiterung der Mittelgeber um das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF).
The MZP has received competitive funding from MLU, regional, national, and european sources. The list below shows the support and a summary of the underlying funding:
| MZP member | Project | Funding Agency | Duration | Project Number |
| Milton T. Stubbs | Umbau Biozentrum | MLU | 2015-2019 | MLU-Projekt |
| Panagiotis Kastritis | ERA Chair Holder to establish the electron cryo-microscopy analysis of cellular and artificial nanomachines | Horizon Europe | since 2023 | 101086665 |
| Milton T. Stubbs | K2 Detektor | LAND/EFRE | 2013-2014 | K2 Detektor |
| Milton T. Stubbs | HALOmem II: Strukturbiologie und Transfer | LAND/EFRE | 2016-2022 | ZS/2016/04/78115 |
| Jochen Balbach | NMR Center | LAND/EFRE | since 2010 | LAND NMR |
| Milton T. Stubbs | Charles-Tanford-Proteinzentrum | LAND/EFRE | since 2017 | LAND CTP |
| Milton T. Stubbs | ZIK HALOMEM | BMBF | 2008-2013 | LAND ZIK HALOMEM |
| Jochen Balbach | Aufbau einer NMR-Plattform für Proteinmessungen | BMBF | 2010-2014 | ProNet-T3 |
| Milton T. Stubbs | Zentrum für Innovationskompetenz: Strategische Investationen zur nachhaltigen Etablierung des ZIK HALOmem | BMBF | 2013-2014 | 03Z2HS2 |
| Panagiotis Kastritis | Kryo-elektronenmikroskopie von membrangebundenen Protein-Nanomaschinen | BMBF | 2017-2022 | 03Z22HN23 |
| Milton T. Stubbs | ZIK HALOMEM-v02 | BMBF | 2019-2022 | 03Z22HI2 |
| Milton T. Stubbs | Strategische Investitionen für die Weiterentwicklung des Zentrums für Innovationskompetenz HALOmem „Struktur und Dynamik von Membranproteinen“ | BMBF | 2019-2022 | 03Z22HI2 |
| Panagiotis Kastritis | Kryo-elektronenmikroskopie von membrangebundenen Protein-Nanomaschinen | BMBF | 2021-2022 | 03Z22HN23 |
| Milton T. Stubbs | CORONAmem: Molekulare Determinaten der differentiellen Wirtsanfälligkeit gegnüber SARS-CoV-2 am Eintrittspunkt | BMBF | 2021-2023 | 03COV04 |
| Milton T. Stubbs | GRK 541: Protein Function at the Atomic Level | DFG | 1999-2005 | 272835 |
| Jochen Balbach | NMR-spektroskopische Charakterisierung der elementaren Proteinfaltung und der Nukleinsäurebindung des Kälteschockproteins CspB | DFG | 2002-2008 | 5391472 |
| Milton T. Stubbs | Von Hydrolasen zu Acyltransferasen: Struktur-Funktionsbeziehungen Serin-Carboxypeptidase-ähnlicher Acyltransferasen des pflanzlichen Phenylpropanstoffwechsels | DFG | 2003-2009 | 5405120 |
| Milton T. Stubbs | Evolution of non-ribosomal synthetases through structure-function relationships | DFG | 2003-2010 | 5405390 |
| Milton T. Stubbs | Struktur, Funktion und Evolution von 4-Cumarat: Coenzym A-Ligase | DFG | 2003-2010 | 5405465 |
| Milton T. Stubbs | Struktur und Funktion Kation-abhängiger O-Methyltransferasen | DFG | 2004-2007 | 5439532 |
| Jochen Balbach | How phage fd uses prolyl isomerization and partial unfolding to activate its gene-3-protein for infection | DFG | 2004-2015 | 5423444 |
| Milton T. Stubbs | Structural studies on calcium dependent signalling complexes (B08) | DFG | 2005-2008 | 5485044 |
| Milton T. Stubbs | Spätzle splice variants in Drosophila signalling pathways (A12) | DFG | 2005-2008 | 5485142 |
| Annette Meister | GRK 1026: Conformational Transitions in Macromolecular Interactions | DFG | 2005-2013 | 373608 |
| Jochen Balbach | GRK 1026: Conformational Transitions in Macromolecular Interactions | DFG | 2005-2013 | 373608 |
| Kirsten Bacia | GRK 1026: Conformational Transitions in Macromolecular Interactions | DFG | 2005-2013 | 373608 |
| Milton T. Stubbs | GRK 1026: Conformational Transitions in Macromolecular Interactions | DFG | 2005-2013 | 373608 |
| Jochen Balbach | The mechanism of the prolyl isomerase SlyD | DFG | 2008-2012 | 62174927 |
| Jochen Balbach | The mechanism of the prolyl isomerase SlyD (A13*) | DFG | 2009-2012 | 5485142 |
| Milton T. Stubbs | Integrated Research Training Group (MGK) | DFG | 2009-2012 | 5485142 |
| Jochen Balbach | NMR Investigations of the Self Organization and Dynamics of Amyloid Protein Fibrils (A06) | DFG | 2011-2023 | 189853844 |
| Jochen Balbach | Organization and interactions of eye-lens crystallins: native states and cataract formation (A08) | DFG | 2011-2023 | 189853844 |
| Kirsten Bacia | Mikroskopische Untersuchung und Funktionalisierung von Hybridmembranen aus Phospholipiden und synthetischen Polyphilen | DFG | 2013-2018 | 80053741 |
| Annette Meister | FLUOR – Fluorinated Surfactants for Membrane-Protein Research | DFG | 2016-2021 | 316675121 |
| Jochen Balbach | Topology and Grb2 interactions of the intrinsically disordered platform protein Gab1 | DFG | 2017-2021 | 374605181 |
| Jochen Balbach | Assembly of PTH/polymer hybrid molecules (A12*) | DFG | 2019-2023 | 189853844 |
| Jochen Balbach | GRK 2467: Intrinsically Disordered Proteins – Molecular Principles, Cellular Functions, and Diseases | DFG | since 2019 | 391498659 |
| Milton T. Stubbs | GRK 2467: Intrinsically Disordered Proteins – Molecular Principles, Cellular Functions, and Diseases | DFG | since 2019 | 391498659 |
| Panagiotis Kastritis | GRK 2467: Intrinsically Disordered Proteins – Molecular Principles, Cellular Functions, and Diseases | DFG | since 2019 | 391498659 |
| Kirsten Bacia | Korrelatives Kryo-Konfokalfluoreszenzmikroskop | DFG | since 2019 | 415004746 |
| Kirsten Bacia | GRK 2670: Beyond Amphiphilicity: Self-Organization of Soft Matter Via Multiple Noncovalent Interactions | DFG | since 2021 | 436494874 |
| Jochen Balbach | Targeting oncofetal IGF2BP proteins by small molecule drugs in cancer | DFG | since 2023 | 468534282 |
